Im Zuge der Erweiterung um HTML-Fähigkeiten wurde auch das Papyrus-Dokumentenformat hypertexttauglich. Innerhalb des Dokuments können Links und Sprungmarken definiert werden, die nicht nur bei der Ausgabe in das HTML-Format praktischen Nutzen bieten.
Papyrus 6 unterstützt für das Einlesen und Speichern von Dokumenten das HTML-Format 3.2. HTML 4 (notwendig für die Darstellung und Editierung von Frames) wird noch für den Sommer versprochen. Damit einhergehen soll eine Dokumentenverwaltung, die es erlaubt, ganze HTML-Seitenketten mit Bildern in einem papyrus-Dokument zu speichern und erst beim HTML-Export in Einzeldateien zu splitten.
Seit Version 6.06 können die Spaltenbreiten von Tabellen prozentual zur Textbreite definiert werden. Auch das Definieren einer Hintergrundfarbe oder eines wahlweise gekachelten Hintergrund-Bildes findet im Zuge der HTML-Unterstützung Berücksichtigung.